La elección del sistema y el volumen de almacenamiento depende de varios factores: características de los sistemas de distribución y suministro de biomasa, necesidad anual de biomasa, espacio disponible para caldera y almacén, etc. 

El sistema de almacenamiento tiene una influencia directa sobre el tipo de transporte y los sistemas de suministro. Los silos sobre el terreno necesitan vehículos de suministro que puedan descargar lanzando el combustible sobre la pila mientras que los silos subterráneos con trampilla de acceso se podrían llenar con cualquier tipo de vehículo volquete, o caja basculante. 

Básicamente, los tipos de almacenamiento pueden dividirse en almacenamientos prefabricados y almacenamientos de obra:

Almacenamientos prefabricados.

Diseñados específicamente para combustibles de pequeña granulometría y estandarizados, como pellets, astillas e incluso huesos de aceituna o cáscaras de almendra.

Contenedor o tolva exterior 

Este sistema es la opción más razonable para usuarios que dispongan de poco espacio. Gracias a la dimensión del contenedor (de hasta 3.000 kg) se pueden conseguir largos periodos de autonomía de la caldera. Se sitúan al lado del edificio y la caldera, y permiten un transporte modular sencillo.

Silo flexible

De lona o de polipropileno son una alternativa clara cuando existe suficiente espacio, y no se quieren realizar importantes obras de remodelación. 

De forma cuadrada o rectangular, la capacidad de estos silos está entre 2 y 5 toneladas de combustible. Este tipo de almacén tiene la ventaja de poder utilizar habitáculos disponibles y adaptarlos de forma sencilla al almacén.

Depósito subterráneo

Ante la falta de espacio en superficie, se puede utilizar este tipo de depósito en el exterior. La alimentación de la caldera se realiza mediante un tornillo sinfín o bien mediante un sistema neumático. 

Tolva o almacenamiento integrado.

Su principal ventaja reside en el poco espacio que ocupa, junto con su elevada integración con la caldera, como desventaja se puede señalar su menor capacidad.

Almacenamientos de obra.

Los almacenamientos de obra son salas de nueva construcción o existentes adaptadas para su uso como silo de biomasa. Su característica más importante debe ser la ausencia de humedad, ya que ésta hace que la biomasa aumente de volumen y pierda parte de sus propiedades como combustible.

Con suelo inclinado de dos lados: Con dos falsos suelos inclinados para que el combustible almacenado entre ellos se deslice por gravedad hasta el tornillo sinfín que transporta el combustible a la caldera o hasta el sistema de alimentación neumática. 

Con suelo inclinado de un lado: Se trata de un sistema idóneo para silos cuadrados. La inclinación del suelo determina la necesidad de rascadores. 

Con suelo horizontal: Es la mejor opción cuando se dispone de poco espacio o el combustible tiene poca densidad. El suelo plano necesita de rascadores horizontales hidráulicos, lo que implica un mayor coste pero optimiza el volumen del silo.